Sinds de jaren zestig zijn er binnen de Raad van Europa studies en voorstellen gedaan om tot een verdergaande bescherming tegen discriminatie te komen. Door signalering van een toename van racisme, antisemitisme en intolerantie binnen Europa is ook de bescherming tegen rassendiscriminatie meer onder de aandacht gekomen.

Een topconferentie van staatshoofden in het kader van de Raad van Europa in Wenen in oktober 1993 leidde tot het aannemen van een Verklaring en een actieplan voor het bestrijden van racisme, xenofobie, antisemitisme en intolerantie. In het kader van het actieplan werd de Europese Commissie tegen Racisme and Intolerantie (ECRI) opgericht met, onder andere, als taak naar juridische instrumenten te zoeken voor de versterking van het verbod van discriminatie. ECRI kwam tot de conclusie dat de bescherming tegen discriminatie die geboden wordt door het EVRM bevorderd zou kunnen worden door het toevoegen van een protocol aan het verdrag bevattende een algemene anti-discriminatiebepaling. De tekst van Protocol 12, zoals opgesteld door de Steering Committee for Human Rights (CDDH), werd op 26 juni 2000 op de 715e bijeenkomst van het Comité van Ministers aangenomen.